中国中医研究院商洛中药材GAP科研工程中心成立于2004年8月，是以商洛学院为依托，联合西北农林科技大学、陕西师范大学、西北大学、商洛市农科所、陕西天士力植物药业有限公司、陕西香菊制药有限公司等陕西省内及商洛市有关医药企业、科研院所共同组建的科研开发实体，属校内省级科研平台。

工程中心以GAP研究与开发为重点，主要对商洛道地中药材资源进行普查、品种选育、环境监测、优种快繁、规范化栽培、病虫害防治、SOP制订、指纹图谱建立、质量控制以及储藏与加工等各方面进行研究与开发，全方位为商洛中药材规范化栽培、GAP基地认证、药材认证和中药饮片认证提供技术支撑，承担着国家中药材规范化种植基地（商洛）建设项目2个，相关中药材50余种，计划建立10种中药材规范化种植示范基地1万亩，并承担商洛市所有中药材规范化种植基地的技术指导工作。